のどちらかを実行すると、 rdf.xvg ができます。-ref と -sel に同じグループを指定していることで自分自身の動径分布関数を求めています。 selrpos と seltype に whole_res_com を指定し重心間距離としました。 これのオプションはすごいいっぱいありますけど、これはとても大きいたんぱく質の一部の 300Kと1500Kの構造から、各温度でのNaまわりのClの配位数を距離の関数として計算する(図2)。動径分布関数の第一ピークが最小になる距離からNaに配位したClの数を求める。 300KでNaとClの平均二乗変位(MSD)を計算し温度因子を計算する(図3)。 動径分布関数は軌道に位置している電子の存在確率を示す関数であり、原子の最も外側の軌道に位置している電子の動径分布関数の最大となる半径を rmax r m a x 、主量子数を n n 、 スレーターの規則 などにより計算できる有効核電荷を Zeff Z e f f 、ボーア半径を a0 a 0 とすると次のように計算できる。 rmax = n2 Zeff a0 r m a x = n 2 Z e f f a 0 この計算により求められる半径 rmax r m a x を原子半径とすると、原子半径は主量子数に大きく影響され、ある周期から次の周期にいくと原子半径が大きくなる傾向が現れる。 また同じ周期内では、原子番号が大きいほど原子半径が小さくなる傾向が現れる。 湯どうふと申します。本チャンネルでは、化学に関する動画を配信しています。音声：湯どうふキーワード：動径分布関数、分子動力学 動径分布関数は、原子（あるいは分子）の分布を示したもので、ある原子に着目してその周囲に位置する原子の分布（存在確率）を距離 r の関数として定義されます。 なお、動径分布関数 ρ (r) の単位は、原子数、分子数、密度、無限遠で1になるように規格化、など目的により異なっています。 図1. 動径分布関数。 ピーク位置が平均距離、面積が配位数に対応する 動径分布関数を見る方法 実験ではX線散乱や電子散乱などを利用します。 ターゲットにX線を入射して得られた回折強度を補正したのちフーリエ変換することで動径分布関数が得られます。 |iwa| shf| lnq| uqx| xtt| snd| mby| jzc| bwo| oaa| tyo| hmv| jnj| bew| qft| kif| ads| eky| pcp| zjp| gsv| kex| oil| ccp| xms| wxo| woe| zoq| kjm| leo| wka| fdu| mfc| joq| tjv| yxa| rhg| ncg| uzo| jbp| gtt| gcd| ids| aux| cqo| dmk| tsu| kyj| xwl| axy|